《魔法纪录：魔法少女小圆外传第二季》故事发生在新兴都市神浜市，由于奇怪的力量这座城市不断吸引着魔法少女们在此汇集，为了寻找妹妹而来到的神浜市魔法少女环伊吕波，将会和其他魔法少女们一起探索隐藏在这座城市背后的真相，第二季的故事讲继续讲述未完的冒险。
